The cases of a detective whose physical age was chemically reversed to that of a prepubescent boy but must hide his true mental development.
The son of a world famous mystery writer, Jimmy Kudo, has achieved his own notoriety by assisting the local police as a student detective. He has always been able to solve the most difficult of criminal cases using his wits and power of reason.

คุโด้ ชินอิจิ ยอดนักสืบนักเรียนมัธยมปลาย วัย 17 ปี ถูกขนานนามว่า ยอดนักสืบแห่งปีเฮเซ วันหนึ่งไปเที่ยวกับเพื่อนสมัยเด็กที่ชื่อโมริ รัน หลังจากเป็นแชมป์คาราเต้ระดับเขต หลังปิดคดีได้ ชินอิจิแอบไปรู้เห็นเจรจาลับของชายชุดดำ โดยไม่ระวังถูกชายชุดดำอีกคนทำร้าย ก่อนสลบถูกจับกรอกยาพิษAPTX4869 ที่องค์กรคิดค้นขึ้น แต่ยาพิษนั้นกลับทำให้ชินอิจิตัวเล็กลงจนกลายเป็นเด็กอายุ 7 ขวบและเปลี่ยนชื่อใหม่เป็น เอโดงาวะ โคนัน ด้วยความช่วยเหลือของ ดร.อากาสะ ฮิโรชิ เพื่อสืบหาเบาะแสร่องรอยของชายชุดดำและเพื่อนำยาพิษ มาหาทางรักษาให้คืนร่าง ได้ไปอยู่กับโมริ รัน ที่สำนักงานนักสืบโมริ ซึ่งคุณพ่อของรัน โมริ โคโกโร่ เป็นนักสืบเอกชน แต่ก็พึ่งไม่ได้ โคนันจึงได้ใช้สติปัญญาของตนกับสิ่งประดิษฐ์ของ ดร.อากาสะ ฮิโรชิ คลี่คลายคดีต่างๆ แทนเพื่อให้โคโกโร่มีชื่อเสียงขึ้นมาและรอผู้จ้างวานที่จะได้เบาะแสของชายชุดดำ เพราะอยู่ในร่างของเด็กจึงต้องกลับไปเรียนชั้น ป.1 ที่โรงเรียนประถมเทตันใหม่อีกครั้งและได้ก่อตั้งขบวนการนักสืบเยาวชนกับเพื่อนร่วมชั้นอย่าง โยชิดะ อายูมิ, ซึบุรายะ มิซึฮิโกะ, และ โคจิมะ เก็นตะ การสืบหาชายชุดดำและยาแก้พิษของโคนันก็ได้เรื่อยมา ได้เกิดคดีต่างๆและค้นพบบุคคลสำคัญต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับพวกชายชุดดำมากขึ้นอย่าง มิยาโนะ อาเคมิ 1 ในสมาชิกปลายแถวในองค์กรชุดดำ มิยาโนะ ชิโฮะ หรือ ไฮบาระ ไอ มีโค้ดเมว่าเชอร์รี่อดีตสมาชิกองค์กรชุดดำและนักวิทยาศาสตร์ 1 ในทีมคิดค้นยา APTX4869 ที่ทำให้โคนันตัวเล็กลง มาช่วยหาทางทำยาคืนร่าง แต่มีผลแค่ชั่วคราวตลอด