พวกเจ้าจงมีชีวิต ตายและต่อสู้ ในฐานะพี่น้อง จำไว้ ไม่มีอะไรแข็งแกร่งเท่าครอบครัวอีกแล้ว อาจารย์สปลินเตอร์ อาชญากรรมและความกลัวกำลังระบาดไปทั่วท้องถนน เมื่อ ชเรดเดอร์ (โทโฮรุ มาซามุเนะ) และลูกสมุนวายร้ายของเขาเข้าไปมีอิทธิพลกับทุกอย่างตั้งแต่ตำรวจจนถึงนักการเมือง อนาคตดูเหมือนจะมืดดำจนกระทั่ง สี่พี่น้องผู้รอดชีวิตจากการทดลองทางวิทยาศาสตร์ที่ผิดพลาด ได้ปรากฏตัวขึ้นจากทางระบายน้ำ และยอมรับชะตากรรมของพวกเขาในฐานะวีรบุรุษสวมหน้ากากผู้ปราบเหล่าร้าย เมื่อเผชิญหน้ากับแผนการร้ายที่จะครอบครองโลกของ ชเรดเดอร์ เหล่าเต่านินจาก็จะต้องร่วมมือกับนักข่าวสาวใจกล้า เอพริล โอนีล (เมแกน ฟ็อกซ์) และตากล้องปากเปราะของเธอ เวอร์นอน เฟนวิค (วิลล์ อาร์เน็ตต์) ในการช่วยเหลือประชาชนนิวยอร์กไว้ให้ได้