Cobra lived an adventurous life until his enemies began to hunt him down. He surgically altered his face and erased his own memory in order to hide from his foes and lead a normal life. Eventually, he regains his memories and re-unites with his old partner Lady Armaroid and his ship Tortuga. Cobra travels the galaxy, fighting the outlaw Pirate Guild, but also fleeing the law-enforcing Milky Way Patrol.

แนวเนื้อเรื่องจะต้องเป็นแนววิทยาศาสตร์และเครื่องยนต์ล้ำๆตามสไตล์ เรื่องราวของคอบบร้า เริ่มต้นที่ “จอน กินเลียน” พนักงานบริษัทหาเช้ากินค่ำธรรมดาๆ ที่ติดแหง็กในวันหยุดที่แสนจะน่าเบื่อหน่าย วันนั้น เขาเข้าไปใน “ร้านแห่งความฝัน” หรือ “ดรีมเมคเกอร์” ซึ่งในร้านลูกค้าสามารถเลือกวิดีโอหนังเรื่องที่ตัวเองต้องการจะเป็นพระเอกแล้วไปนอนให้เครื่องกระตุ้นฝันทำงาน (ปัจจุบันเราเรียกว่า ระบบ VR นั่นเอง) แต่จอน มีความอยากทำอะไรหลายๆอย่างพร้อมๆกัน ทำให้พนักงานในร้าน ได้หยิบวิดิโอออกมามั่วๆ หลายๆม้วนมาใส่หัวเขา… และได้ฝันไปว่าเขาคือ “สุดยอดสลัดอวกาศ” ที่มีแขนซ้ายเป็นปืน “ไซโคกัน”(สมัยนั้น แปลเป็น “ไซโก้กัน” ซึ่งมาจากหนังสือการ์ตูนยุคเก่า) และได้เกิดมีการยิงต่อสู้กับ “กัปตันไบเคน”ซึ่งเป็นโจรสลัดลูกสมุนของ “กิลโด้” (หรือ “กิลด์”)อาชญกรอวกาศตัวพ่อของยุค หลังจากนั้น จอนจึงไปเล่นคาสิโนต่อ แต่ว่าเจ้าหน้าที่ที่คาสิโนเห็นว่าเขาเล่นได้มากจึงต้องการเก็บเขาซะ จึงได้เชิญลงไปที่ห้องใต้ดินที่นั่นเขาได้พบกับ ลุกน้องของกิลโด้ที่มีนกอีกาหุ่นยนต์ข้างกายตลอดเวลา จึงได้เอ่ยปากทักไปอย่างไม่ตั้งใจว่า “กัปตันไบเคน” ซึ่งทำเอาคนที่เขาทักถึงกลับเหงื่อแตกเพราะว่าไม่น่าจะมีใครรู้จักเขานอกจาก “คอบร้าที่มีมือซ้ายเป็นปืนไซโคกัน” และด้วยไหวพริบและทักษะการต่อสู้ที่ตัวจอนเองยังทึ่ง เขาได้เอาตัวรอดมาจากคาสิโนได้ กัปตันไบเคน จึงออกติดตามเพื่อจะกำจัดคนที่รู้ตัวจริงของเขา ในที่สุด จอนก็ได้ยิงไซโคกันออกไปด้วยความไม่ตั้งใจ ทำให้ไบเคนจำได้ว่า จอน ก็คือคอบบร้า ศัตรูเก่า แต่ก็ขาดใจตายไปซะก่อน…จอนรีบกลับอพาร์ทเมนของเขา ต่ทว่าเหตุการทั้งหมดได้ถูกส่งไปที่กองกำลังของกิลโด้ แล้วด้วยกล้องที่ลูกนัยตาของนกกาหุ่นยนต์คู่หูของไบเคน และข่าวนี้ก็ไปถึง “คริสตัลบอย” ลูกน้องคนสำคัญ ของกิลโด้ ส่วนจอนที่กำลังสับสนเรื่องของตัวเองค่อยๆนึกเรื่องของเขาเองทีละน้อย แต่ก็ถูกพวกสมุนของคริสตัลบอย ส่งมาเก็บเขา จอนพลาดท่า ทำให้ “เบน”หุ่นรับใช้ที่แสนน่าเบื่อของเขารับลุกกระสุนแทน และทำให้ “เลดี้” หุ่นแอนดรอยด์สาว ก็ลุกขึ้นจากซากของเบน หุ่นรับใช้สุดงี่เง่าตัวนั้น และในตอนนั้นเองที่จอนรู้ว่าเขาคือ “คอบบร้า โจรสลัดที่เคยปล้นไปทั่วจักรวาลและท่องเที่ยวอย่างอิสระ” จนต่อมาองค์กรกิลโด้ครองจักรวาล ได้ต้อนเหล่าสลัดอวกาศเข้าสังกัด แต่เขาไม่ยินยอม เขาจึงถูกกิลโด้ล่าสังหาร สุดท้ายก็ถูกคริสตัลบอยที่คอนนั้นยังเป็นมนุษย์ฟันแขนซ้ายขาด และเลดี้คนรักของเขาก็เสียชีวิต จากนั้นเขาจึงได้กลับไปยังโลก และให้ ดร.คนหนึ่งสร้าง ปืนไซโคกัน ให้ และสร้างอาเมอร์รอยเลดี้ ขึ้นมาจากร่างเลดี้ คนรักของเขา จากนั้นเขาก็ออกไปต่อสู้กับกิลโด้ด้วยความแค้น แต่ด้วยกองกำลังของกิลโด้ที่มีจำนวนนับไม่ถ้วน ฆ่าเท่าไหร่ก็ไม่หมดซักที ทำให้คอบร้ารู้สึกเบื่อหน่ายต่อการต่อสู้ จึงได้ตัดสินใจผ่าตัดเปลี่ยนแปลงใบหน้าและลบความทรงจำ หลบไปใช้ชีวิตอย่างคนธรรมดาในดวงดาวสุดขอบจักรวาล ทำงานเป็นพนักงานบริษัทหาเลี้ยงชีวิตไปวันๆแทน เมื่อความจำกลับมาเขาก็นำแขนเทียมกับปืนคู่ใจของเขาออกมาจากบ้าน ทั้ง 2 ได้หาเงินซี้ออยานอวกาศลำเก่าๆเพื่อไปหา “ยานเตอร์เติล” ยานแม่ของคอบร้า ที่ฝากไว้ที่ดาวอีกดวง แล้วการเดินทางออกสู่อวกาศของชายที่เป็นสลัดอวกาศที่มีค่าหัวที่มากที่สุดในจักวาล ชายที่มีแขนซ้ายเป็นไซโคกันเพื่อต่อสู้กับกิลโด้ ในนาม”คอบร้า”ก็เริ่มขึ้นอีกครั้ง…คอบร้าถูกชักนำให้เข้าไปร่วมกับสงครามหลากหลายรูปแบบ และพบว่าแต่ละที่ต่างมีเงาขององค์กรกิลล์ชักใยอยู่เบื้องหลังเกือบทั้งสิ้น