Rantarō, Shinbei and Kirimaru are ninja apprentices in the Ninja Gakuen, where first grade ones are called "Nintamas". They must learn everything a ninja must know, but as for our heroes, money, food or playing are more interesting. The series show the everyday adventures of our heroes.

นินทามะรันทาโร่ หรือชื่อที่คนไทยคุ้นหูคือ นินจาบอยรันทาโร่ คำว่า นินทามะ จริงๆถ้าแปลตามตัวจะเรียกว่าไข่นินจา คงจะหมายถึงสื่อว่าพวกรันทาโร่ยังเป็นนินจาชั้นลูกเจี๊ยบที่จะรอวันโผยบินเพื่อเป็นนินจาที่ีดีในอนาคต ส่วนชื่อรันทาโร่ก็มาจากชื่อพระเอกของเรื่องนั้นเอง