When mecha attack a research center, it's students, pilots, and researchers must fight back with the help of mysterious artifacts and a young samurai.

วันหนึ่งระหว่างการสร้างเขื่อนคุโรเบะ มีการค้นพบ Artifact เก่าแก่ ทำให้มีการก่อตั้งสถาบันวิจัยคุโรเบะขึ้นมา โดยสถาบันนี้จะรวบรวมนักวิจัยหัวกระทิมาเพื่อศึกษา Artifact นี้ รวมถึงมีการก่อตั้งโรงเรียนเพื่อให้ลูกๆ
ของนักวิจัยเหล่านั้นเข้ามาเรียน และยูกิเนะก็นับเป็นนักเรียนหนึ่งในนั้น จนวันหนึ่งเกิดเหตุการณ์แปลกประหลาด ทำให้ยูกิเนะพบกับเคนโนสุเกะ ซามูไรยุคเก่า ด้วยความเข้าใจผิด เคนโนสุเกะจึงลักพาตัวยูกิเนะขึ้นคุโรมุคุโร
หุ่นยนต์ของสถานวิจัยหนีไป วันคืนอันไม่ปกติของหนุ่มซามูไรกับยูกิเนะได้เริ่มขึ้นแล้ว