เรื่องราวของ "กัปตันธันเดอร์กับจอกศักดิ์สิทธิ์" เป็นเรื่องราวที่เกิดขึ้นในช่วงสงครามครูเสดครั้งที่สามในปาเลสไตน์ เมื่อกัปตันธันเดอร์พบชาวคริสต์ชื่อฮวน เด ริเบราที่เสียชีวิตในคุกใต้ดินในคุกใต้ดิน ผู้ซึ่งมอบหมายภารกิจให้สเปนคืนถ้วยซึ่ง คือจอกศักดิ์สิทธิ์ที่ถูกขโมยไปจากระเบียบโบราณ ธันเดอร์กับคริสปินและโกลิอัทเพื่อนที่แยกกันไม่ออก และเจ้าหญิงชาวสแกนดิเนเวียนชื่อซิกฟริด จะต้องเผชิญหน้ากับขุนนางศักดินาที่ชั่วร้ายและ "ปีศาจ" สีดำของเขา ที่กำลังคุกคามประชากรชาวอารากอน