Macross Delta is set in the year 2067, 8 years after the events of the latest Macross TV series, Macross Frontier. The story focuses on Walküre, a team of talented idols and the Delta Squadron, a team of experienced Valkyrie pilots as they battle against the Var Syndrome, a mysterious phenomena that is consuming the galaxy and there is also the mysterious Aerial Knights Valkyrie fighter team of the Kingdom of Wind.
มนุษย์โลกได้อพยพไปอยู่นอกอวกาศเพื่อไม่ให้เผ่าพันธุ์ตัวเองสูญพันธุ์ แต่แล้วภัยที่พวกเขาไม่รู้จักอย่าง "วาร์ ซินโดรม" ก็ทำลายความสงบสุขของพวกเขาจนหมดสิ้น แต่มีกลุ่มคนอยู่กลุ่มหนึ่งที่อาจหาญต่อกรกับภัยคุกคามนี้ พวกเธอคือหน่วยยุทธการเฉพาะกิจทางเสียง วาลคิรีที่มาพร้อมหมวดเดลต้าที่พร้อมปกป้องพวกเธอ เรื่องราวของเหล่าหญิงสาวสุดสตรองที่ไม่หวั่นแม้อยู่กลางดงห่ากระสุนจึงได้เริ่มขึ้น